La alta dirección del CCS está encomendada a su Consejo de Administración, que, presidido por quien en cada momento ostente el cargo de Director General de Seguros y Fondos de Pensiones, se compone de 14 miembros, representando paritariamente al mercado asegurador privado y a la Administración General del Estado. El Consejo de Administración se reúne un mínimo de 11 veces al año.

Del Consejo de Administración dependen la Comisión de Auditoría, que se reúne 3 veces al año, y la Comisión Delegada para la Actividad Liquidadora.

Operativamente la entidad se organiza, bajo la dependencia de la Dirección General, en seis áreas funcionales con rango de dirección: Dirección de Operaciones, Dirección Financiera, Dirección de Liquidación y Saneamiento de Entidades Aseguradoras, Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información, Dirección de Gestión de Riesgos y Secretaría General. El Servicio de Auditoría Interna, el Servicio de Atención al Asegurado, la Subdirección de Estudios y Relaciones Internacionales y la Subdirección de Seguros Agrarios son unidades de carácter horizontal que dependen también directamente de la Dirección General del CCS.

Por su parte, la descentralización de la estructura del CCS se concreta en 17 oficinas distribuidas en 13 delegaciones territoriales distribuidas por la geografía española, que cumplen el objetivo de acercar la gestión de los asuntos a los asegurados.

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